Das mit den Bahnpreisen ist eigentlich überall gleich, und wenn man nicht in der Provinz wohnt, steht es mittlerweile eigentlich auch immer in Romaji dran. Umsteigen ist inclusive solange man nicht die Gesellschaft wechselt, dann muss man manchmal zwei Tickets kaufen, aber meist gibts transfer tickets. Hilfreich in dem Fall die Englische Bedienmöglichkeit. Sonst einfach fragen, oder immer das billigste Ticket kaufen und beim rausgehen nachzahlen. Im Zweifelsfall einfach beim dem "Wärterhäuschen" beim Ausgang.
Noch einfacher ist Pas.mo oder Suica, da bezahlt man im Voraus und kann die dann für alle Bahngesellschaften nutzen. Zumindest in Tokyo. Weiss nicht, wie weit das reicht.