Ich hätt da noch zweierlei Möglichkeiten:
1.: Da war doch mal was mit "Kleinste Zuordnungseinheit". Meine kleinste Zuordnungseinheit ist AFAIK 8 Byte (ja Byte nicht Bit) was AFAIK ziemlich groß ist. Das bedeutet praktisch, das Daten immer nur in 8 Byte-Paketen abgelegt werden.Ist ein 8Byte-Paket nicht ganz voll, wird der Rest mit Nullen gefüllt, aber das ist nicht mal AFAIK, das mit den Nullen ist nur eine Annahme.
Das bedeutet, das so einiges an Speicher in den nicht genutzten Resten der Zuordnungseinheiten stecken könnte. Besonders wenn man sehr viele, sehr kleine Dateien hat.
2.: Einige Dateien sind beschädigt, werden nicht mehr vom Explorer dargestellt, aber die Restdaten liegen noch auf der Platte rum... Oder so.
Als ich nach 2 Jahren Scandisk einmal vollständig durchrattern lassen hab, also kompletter Scan, waren am Ende 3 oder 4 GB frei... oder erst nach der Defragmentierung, ich erinner mich nimmer.
Mit Anderen Worten: Mach mal Scandisk Komplettscan und ggf. defragmentier noch hinterher deine Platte.