Ich würde es versuchen, die Zeit deines letzen "Mark-as-read" in der Datenbank festzuhalten und alle Einträge die jünger sind als ungelesen markieren.

Die markierung ob du diesen neuen Thread schon reingesehen hast würde ich dann als temporäres cookie auf dem Client hinterlassen, und zwar nachdem du in den Thread reingeschaut hast. So würde sich die Datenbanklast, sowie der "Cookieverbrauch" in grenzen halten, IMHO.