Yuffies Quest, bei dem sie der Truppe die Substanzen klaut, kann auch noch auf CD 2 gemacht werden. Wenn man mit der Highwind kurz vor Wutai landet, klaut Yuffie die Substanzen kurz vor dem Dorf.
Auf CD 3 klappt es aber nicht mehr, denn da sind die Turks ja nicht mehr da. Auf der letzten CD kann dann nur noch die Mission in der Pagode gemacht werden.