Eigentlich macht man das ganze nicht durch die Farbe transparent.
Der Maker hat nur eine Tranzparenz-Funktion integriert, die es ermöglichen soll Charsets ohne den besagten Kasten zu verwenden.
Im Endeffekt geht es nur darum das du alles was im Maker später nicht sichtbar sein soll mit einer Farbe einfärbst. Im Maker kannst du dann später beim Importieren, indem du einfach auf eine Stelle die die besagte Farbe hat, klickst, einstellen dass diese komplett nicht angezeigt wird.
Das bei vielen Charsets Pink als Hintergrundfarbe verwendet wurde hat einfach den Grund, dass man beim Zeichnen nur extrem selten die Farbe Pink benutzt. Wenn man z.B. Schwarz als Hintergrund nehmen würde hätte das den Nachteil, dass auch alle schwarzen Flächen des Chars durchsichtig werden. Also benutzt man einfach Pink. Findest du die Farbe zu grässlich kannst du auch einfach jede beliebige andere nehmen, die nicht in einem deiner Chars in dem Set vorkommt. (Also z.B. sehr helles Grün, Lila, Rosa, etc.)
Ich hoffe man konnte das verstehen ^^°

mfg
Phönix Tear