Ich hab mir mal provisoerisch ein kleines VBScript geschrieben das den Server startet und verhindert dass das Dingen auf der Taskleiste rumliegt.
Code: 
Set ShellWSH = CreateObject("WScript.Shell")

ShellWSH.Run """C:\pfad\Apache\Apache.exe""", 0, True
Das Argument "0" im ShellWSH.Run-Befehl bewirkt dass der Server nur im Taskmanager auftaucht und nicht in der Taskleiste.
Mir wäre es allerdings immernoch lieber wenn ich da rechts bei der Systemuhr sehen könnte ob der Apache gerade an ist, oder nicht.