Am besten fand ich immernoch...

...Volvagia (OoT; Feuertempel Boss)
...Gerudowächterin (OoT; Diebesversteck in der Gerudofestung)
...Ganon (Oot; Wo der vorkommt brauch ich ja wohl nich zu sagen)

...und die unangefochtene Nummer 1:
Das Schwarze Ich (Oot; Miniboss im Wassertempel)