Wenn du über fixmbr gehst an sich nicht. Das überschreibt lediglich den MBR mit dem Windows-Bootloader und sollte an den Partitionen selbst nichts tun.

Natürlich könnte es sein, daß die Reparaturkonsole der Meinung ist, du hättest kein reparierbares Windows - aber das merkst du daran, daß du nicht in die Reparaturkonsole gelassen wirst und dann kannst du immer noch das Setup abbrechen, bevor es irgendwelchen Schaden anrichten kann.