Ich würde erstmal auf der HP des Festplattenherstellers nach einem Diagnose Tool suchen. Vielleicht meldet es einen Fehler und kann evtl diesen Fehler beheben.
Ich hab mich auch mal ein bissl auf die Suche gemacht und habe ähnliche Probleme gefunden, die durch mehrfache Defragmentierung der Systemdateien behoben worden sind.
Allerdings ist das unter Windows nicht möglich, da Windows die Finger auf den Dateien drauf hat und die Defragmentierung dieser Dateien verweigert.
Ich weiss auch nicht, wie weit Knoppix ist, ob es dort einen Defrag Tool gibt, was NTFS Festplatten defragmentieren kann. Ein paar Leute hier wissen es vermutlich.
(mmh, das ist das erstmal, wo ich Knoppix vorziehen würde ^^)
Es gibt aber auch ein Defrag Tool was "offline" NTFS defragmentieren kann. Dies ist aber leider Shareware:
Perfect Disk...