Welchen Framerate haben die Quellvideos und welchen hat das Output Video?
Es kann vielleicht sein, dass die Quellvideos 30 FPS oder mehr haben und dass das Output Video 24 FPS. Ich weiss nicht, wie Magix darauf reagiert. Aber es kann vielleicht sein, dass Magix dann einfach die Frames, die übrig sind, in einer Sekunde, löscht. Somit würde ein Ruckeln zustande kommen.
Bei Unkomprimierten Videos kann es durchaus vorkommen, dass die Videos ruckeln. Schliesslich sind die Frames ja unkomprimiert und bei einer Auflösung von 640x480 800 kb gross.

Bei DV-Editing Programme würde ich immer das Endvideo entweder als unkomprimiert speichern oder mit dem huffyuv Codec encoden. Huffyuv ist ein Lossless Codec. D.h. man hat keinen Qualitätsverlust und ist auch nur 1/3 so gross, wie ein unkomprimiertes Video. Zudem würde ich auch noch die Werte von den Quellvideos behalten. FPS, Auflösung etc. Erst dann würde ich entweder mit einem AVISynth-Script die Werte ändern und ein paar Filter einfügen, wenns nötig ist, oder gleich mit VirtualDubMod encoden und dort die Werte ändern.