Mit dieser Frage ärgere ich mich auch rum.

Imho verwendet man ga bei Aru/Iru dann bei Verben die Emotionen darstellen suki da und kirai da glaub ich, dann wenn ein Thema neu eingeführt wird. In meinem Particle Buch steht da z. B. Kochira/Kore ga Yamada-san desu Wobei ich diesen Satz auch schon mit wa gelesen habe. Ich habe mir extra das Buch All about Particles zugelegt beim Amazon.de Marketplace

ni verwendet man bei aru/iru: Koko NI suzu ga aru/arimasu, dann wenn man zu etwas direktem Kontakt hat hon ni kaku (auf das Buch schreiben) he/e benutzt man bei den Verben iku, kuru und kaeru. So stehts zumindest in meinem Buch.

Die Profis hier werdens zum Glück besser wissen, da ich nur grob ein paar Unterschiede kenne, ohne diese perfekt zu beherrschen.
Wobei ich denke das der Wa/Ga unterschied das schwerste Partikelthema ist, zumindest in den jap. Mangas wird wenn überhaupt fast immer wa genommen.