1. Vorerst musst du damit auskommen, dass dir die Chocobos wegrennen wenn du absteigst. Dauerhaft behalten kannst du erst welche, wenn auf der Chocobo-Farm Ställe frei sind, was aber erst viel später der Fall ist. Dann kannst du Ställe mieten und beim Absteigen entscheiden ob du den Chocobo frei lassen oder in einem der Ställe einquartieren möchtest.
2. Afaik geht es dort erst viel später richtig zur Sache, vorerst gilt dein weg Junon, welches du im Nordwesten findest, wenn du der westlichen Küste folgst.