Es ist Nacht, Sora wacht auf, glaubte etwas zu hören, sieht sich um und plötzlich erscheint hinter ihm ein unbekannter Typ umhüllt in einem Mantel (Marluxia, was sich später herausstellt), dieser lockt ihn in die Falle, indem er ihm sagt "Du hast etwas wichtiges vergessen, doch um es wiedezrufinden, musst du etwas anderes opfern" (später erfährt man, dass es seine Erinnerungen sind).
Man sieht dann ein Mädel (Namine) die ein Schloß zeichnet, dass man dann sieht, wohin der Unbekannte Sora und co. hinlockte. In das Schloß des Entfallens.
Der Unbekannte durchsuchte Soras Erinnerungen, und verwandelte diese in "Karten", durch diese Karten kam er in jede alte Welt zurück, die er in Kingdom Hearts bestritt (Traverse, Agrabah, Monstro, ...), nur eben um einiges kürzer, sozusagen erlebte man Kingdom Hearts wieder, nur etwas kürzer.
Für jede geschaffte Welt, kam er ein Stockwerk höher, doch je höher er kam, desto mehr vergaß er, ebenso seine Freunde, bis er fast alles vergaß, und sich plötzlich an ein Mädchen erinnerte, aus alter Kinderheit ... Namine (das blonde Mädel).
Wie sich etwas später herausstellt, war das alles aber eine Lüge und getrügt. Namine ist eine Hexe, die Erinnerungen manipulieren kann. Sie kann sie, ich zitiere (ungefähr) "Erinnerungen sind lange Ketten, ich habe die Fähigkeit, diese zu lösen und neu anzuordnen", so konnte sie seine Erinnerungen so lenken, dass nicht Kairi die wichtigste Person in seinem Leben ist, sondern Namine, Naimne hat Kairi sozusagen komplett ersetzt.
Das war aber alles Plan von einem TEIL der Organisation (Marluxia, Vexen und Larcene). Diese wollten Mithilfe von Namine Sora unter Kontrolle bringen, und mit seiner Hilfe dann die Organisation übernehmen (sein Herz ist genauso stark, wie das ihres "Anführers". In Kingdom Hearts verwandelte sich ja Sora in Hollow Bastion, als er sein Herz aufschloß und Kairi somit wieder erweckte in einen Herzlosen, doch dank Kairi gelang es ihm, aus dieser Dunkelheit zu steigen und wieder zurückzukehren. Das sah die Organisation und war fasziniert davon, und will ihn nun für ihre Zwecke gewinnen (Der Anführer gab ihnen den Auftrag, Sory "gefügig" zu machen,d abei verfolgen die 3 bereits genannten ihr eigenes Ziel, eben um die Organisation zu übernehmen).
Dies geht aber schief, Axel (Doppelagent, der rothaarige) war dafür verantwortlich, diesen verrat aufdzudecken, tötete letzten Endes Vexen und Sora tötete am Ende Larxene und den allerletzten Endboss (Herr des Schloßes) Marluxia.
Namine war nur sozusagen ein "Opfer" dieser Organisation, sie war immer alleine, wollte Freunde, deswegen hat sie Soras Herz manipulier, um nicht mer allein zu sein (aber ihre genauen Absichten, warum sie denn "freiwillig" wie es scheint (natürlich mit schlechten gewissen, hat sich aber nie gewehrt und das gemacht, was die Organisation wollte), der Organisation half, ist aber immernoch unklar).
Am Ende hatte Sory keine einzige alte Erinnerng, nur die, vom Schloß und Namine. Sie konnte ihm nur das Angebot machen: Alte Erinnerungen wieder => Neuen wird er alles vergessen, oder umgekehrt.
Er entschied sich für die alten Erinnerungen, versprach aber Namine, sich bei ihr zu bedanken und Freunde zu werden, wieder diesea alte Geleier von wegen "Wenn mand ran glaubt schafft man alels, und ich werde mich an dich erinnern" ... dieses Gesülze eben

Sorry, aber diese Leierein kommen in fast jeder Geschichte vor, imemr kitschiger als die andere Geschichte.
Soooo... Hat mans durchgespielt, kann man mit Riku spielen, was er erlebt, nachdem er hinter der Tür des Lichtes war.
Eine noch unbekannte Person weckte ihn auf, da er zwischen Dunkel und Licht schlief (DiZ, aber in Gestalt von Ansem, das man aber erst viel später heausfindet).
Ersteinmal bleibt sie noch unbekannt, auch Riku geht durchs Schloß, Stockwerk zu Stockwrerk durch die alten Welten.
Dabei beobachten ihn die Organisationsmitglieder Zexion, Lexaeus und Vexen => der eine Riku Puppe anfertigte (gegen die man im Sora Durchlauf ein paar mal besiegen muss, aber auch im Riku durchlauf ... mann war die nervig! ^^ Hatte dieselben Fähigkeiten wie der eigene Riku)
Am Anfang meinte Zexion "Ich spüre eine starke Aura, die die unseres Vorgesetzten sehr ähnlich ist", Lexaeus war geschockt, alle bekamen Bammel was er denn hier wolle ... Später aber dann sagte Zexion "Ich habe die Aura identifiziert, es ist Riku, er scheintr unglaublich stark zu sein" <= Interessant ist dabei, dass Riku anscheinend genauso stark zu sein scheint, wie ihr Anführer (?!) Wobei man die Vermutung nahelegn kann, dass DiZ der Anführer von der Organisation ist, und sich ja dennoch im Schloß aufhielt, und Zexion sich geirrt haben muss (da viel später erst Riku, nachdem er sowohl die Dunkelheit, als auch das Licht in sich akzeptierte, spürte, dass Ansems Aura nicht die vom echten Ansem ist, sondern eine anz andere => DiZ gibt sich zu erkennen).
Die Organisationsmitglieder Zexion und Lexaeus haben den Plan von Marluxia gerochen und meinten "Wenn sie sich Sora schnappen, nehen wir uns jemanden, der ihm ebenbürtig ist, RIKU! So wollten sie ihn für sich gewinnen, was aber schnell scheiterte.
Nun, der Riku Durchlauf ist darauf aus, Rikus Ängste vor der Dunkelheit und sein Versuch, sie zu verdrängen, zu beseitigen, dass will auich DiZ von ihm (er findet Riku sehr bemerkenswert und interessant, und will wissen, wie stark er sein kann und dass er sich ihm dann anschließt).
Der Endkampf besteht dann aus dem Ansem aus seinem Herzen. Nach diesem Endfight kontrolliert Riku somit die Dunkelheit und das Licht in sich, ohne ANgst zu haben, dass Ansem sich seiner bemächtigt.
Sowohl Riku als auch Mickey sieht man am Ende dann im schwarzen Mantel (warum auch immer, da sie meinten, sie folgen DiZ, also gehört der wahrscheinlich auch zur Organisation und ist wahrscheinlich dessen Anführer). DiZ fragte Riku "Nimmst du den Weg des Lichtes oder den der Dunkelheit? Und er entschied sich für den "Mittelweg", er ist somit ein "Halbdunkler", sowie DiZ und die ganzen anderen Organisationsmitglieder.
Aber im Spiel meinte einmal Mickey, als er DiZ sah "dass er ihm bekannt vorkäme", was das wohl zu bedeuten hat? Hoffen wir auf die ANtwort in KH2