Der RPG Maker 2000 hat ein paar Probleme mit einigen Systembefehlen. Das häufigste Problem sind sogenannte SysEx-Befehle in der Midi. Das sind Befehle, die eigentlich nur für ganz bestimmte Soundkarten gedacht sind. In selteneren Fällen kann es am Zeitpunkt liegen wann in der Midi eine Musik beginnt. Normalerweise ist das Takt 1. Manche Midis beginnen die Musik aber erst in Takt 3 oder 4 oder was auch immer. Dann versucht der RPG Maker 2000 bis zu diesem Takt vorzuspulen und verschluckt öfters eventuell noch davor liegende Systembefehle in der Midi.

SysEx-Meldungen lassen sich nur mit Midi-Editoren entfernen. Der Grund warum es immer Klavierklänge sind, die man dann zu hören bekommt, liegt übrigens daran, dass das nach dem General-Midi-Standard Klavier das allererste Instrument überhaupt ist. Das Instrument ist nach einem Midi-Reset immer voreingestellt.