Im Grunde ist es reicht einfach.

Einfach vor deine Klasse, oder vor die Funktion einen /** */ Kommentar Block setzen.

Ich schreib am besten ein kleines Beispiel
Code: 
/** Beschreibung der Funktion (sollte aber kurz gehalten werden da mehrzeilige Beschreibungen nicht angezeigt werden, falls doch weiß ich nicht wie )
@param Inhalt Liefert Bla bla bla
@param Test ldk kdj fjkd
@return Gibt bla bla zurück
*/
static function String Testfunc(String Inhalt, Char Test)
{
System.out.println(Inhalt + Test);
return Test;
}
Die Doku erstellst du mit BlueJ indem du oben in der Menü Leiste bei (Achtung jetzt muss ich raten) Project auf Documentation gehst. Es werden dann sofort alle vorhandenen klassen und Funktionen die Dokumentiert sind dokumentiert und dir ein HTML Dokument vor die Nase gesetzt.