Als erstes würde ich dir zum Partitionieren XFDisk empfehlen - sehr komfortables DOS-Interface.
Dann Windows 2k = Windows 2000, also musst du um Win2000 zu installieren auch nicht zu formatieren. Bei 98 muss die Partition formatiert und im FAT (32)-Format sein (sonst erkennt Win98 sie nicht). Auf keinen Fall NTFS! Und außerdem muss die Partition, auf der du Win98 installierst die aktive Primäre Partition sein.