Wenn das Problem wirklich bei der BIOS-Konfiguration liegt wird eine Formatierung kaum was bringen... Vielleicht benimmt sich Windows dann besser, aber das Problem an sich kriegst du damit nicht wirklich gelöst.
Das mit dem Sound dürfte irgend eine Einstellungssache unter Windows sein - schon mal in den Lautstärkeeinstellungen und in der Systemsteuerung unter der entsprechenden Option nachgesehen?

In Sachen Backup... Naja, wenn ich Linux komplett ersetze läuft es darauf hinaus, daß ich mein Userverzeichnis backuppe und hinterher die Software neu installiere - bei Linux liegen alle userspezifischen Einstellungen in dessen Verzeichnis.
Ich würde für Windows ein Packprogramm, eine Packung CD-RWs und Gedule benutzen. Oder vielleicht Norton Ghost, da hab' ich aber keine Erfahrungen mit.