Zon und Son wurden von Kuja erschaffen - das wird im Verlaufe des Spiels doch deutlich, spätestens wenn man am Vulkan Gurug angekommen ist.

Kuja vereint Zon und Son wieder zu ihrer Grundform, dem Kongemini. Und der Kongemini, nun - Kuja wird die Kreatur irgendwie aus Terra mitgebracht haben, und ihr für seine Pläne auf Gaia eben eine menschliche Gestalt gegeben haben, in Form von Zon und Son. Die Kreatur muss wohl einfach die Macht gehabt haben, Bestia zu extrahieren, was Kuja nicht konnte/kann (ohne die Hilfe der Invincible). Es gehörte doch zu Garlants Plan, dass Kuja auf Gaia Unheil stiften und die übrigen Bestia vernichten soll.
Schliesslich hat Kuja die beiden ins Schloss Alexandria eingeschleust, als er damit begann, Königin Brane´s Gedanken zu venebeln. Sozusagen als Unterstützung, damit sie die Bestia extrahieren konnten, sobald Garnet alt genug dafür ist.

Natürlich verfolgt Kuja irgendwann seine eigenen Pläne, hält aber an Zon und Son fest, nachdem Brane tot und Alexandria verwüstet ist - aus dem ganz einfachen Grund, weil er nach wie vor die Kräfte der Bestia besitzen will, um es mit Garlant aufnehmen zu können. Also nimmt er die beiden mit. So gesehen stehen Zon und Son völlig unter Kuja´s Fuchtel und sind in seine Pläne eingeweiht - und das von Anfang an.
Warum sonst entwickeln die beiden am Anfang des Spiels die Schwarzmagiersoldaten, da doch Kuja für die Produktion derselben verantwortlich ist? Brane ist nur diejenige, die den Befehl zur Produktion erteilt, nichts weiter.
Und da Kuja anscheinend nicht die Macht besitzt, die Schwarzmagier stärker zu machen, Zon und Son (bzw der Kongemini) aber sehr wohl, beauftragt er sie damit, die Schwarzen Tenöre herzustellen, für besondere Problemfälle.
Zon sagt ja in diesem Flugzeug nach dem Kampf gegen den Schwarzen Tenor 3 auch "Ich hab doch gleich gesagt, wir haben ihn zu stark gemacht".

Zon und Son sind jedenfalls von Beginn an auf Kuja´s Seite und niemals auf der von Brane. Sie führen nur ihre Befehle aus, um sie selbst dem Ende ihrer Herrschaft ein Stück näher zu bringen.