Und wenn ein IRQ Konflikt die einem der beiden IRQs sein sollte, würde auch kein Laufwerk auf diesen IDE Strang funktionieren.
Und wenn die Jumper falsch sind, würde auch kein Laufwerk auf diesen Strang funktionieren, wie Chronospehre schon richtig gesagt hat.

Ich tippe einfach mal, dass die Laufwerksfilter Einstellung unter Windows hin sind.

Mal folgendes Probieren:
Deinstalliere das Laufwerk im Geräte Manager und starte den Rechner neu.
Wenn das Laufwerk immernoch nicht richtig funktioniert, dann probiere folgendes aus:

Windows XP
Regedit starten, dann diesen Ordner suchen:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Class\{4D36E965-E325-11CE-BFC1-08002BE10318}.
In diesem Schlüsselordner die Einträge UpperFilters und LowersFilters löschen. System neu starten und dann sollten die Laufwerke wieder da sein.

Windows 98
Unter dem Registry-Schlüssel HKEY_LOCAL_MACHINE\ System\CurrentControlSet\ Services\VxD\IOS den Eintrag NoIDE löschen. Neustart.