Naja, ein IRQ Konflikt schliesse ich schonmal aus.
Weil der onboard IDE Controller standardgemäß IRQ 14 und 15 belegt. Und zwar alleine.
Die einzigen IRQs, die geshared werden, sind die IRQs vom PCI Bus.
AGP - PCI1 -> 1 IRQ
PCI2 - PCI3 -> 1 IRQ
PCI4 - PCI5 -> 1 IRQ

Wenn man ne Karte hat, die nicht IRQ Sharing beherscht (z.B. ältere Creative Soundkarten) dann entsteht ein IRQ Konflikt bei dieser Karte.
In meinen 7 Jahren, wo ich mit PCs arbeite, ist das nie aufgetreten. Auch hab ich davon noch nie was gehört. Weil die Laufwerke keinen IRQ besitzen

Warum probierst du nicht mal das aus, was ich oben geschrieben habe?

Und ein Programm für die IRQ Belegung brauchst du auch nicht. Man kann die Belegung der Onboard Komponenten und der Busse im BIOS ändern.
Unter Windows kann man dies auch