Ich würde auf JS wohl im Wesentlichen verzichten - die meisten Sachen kann man entweder auf anderem Wege besser lösen oder es sind Spielereien. Vor allem wegen der eher mäßigen Kompatibilität und den javascriptlosen Usern ist es wohl eine eher schlechte Idee, kritische Elemente einer Seite - wie zum Beispiel die Navigation - per JavaScript umzusetzen. Damit bleiben nur noch Randelemente, auf die ich meistens verzichte, da ich eher schlichte Seiten baue.

Was mich als User in dem Bereich am meisten stört sind JavaScript-Links - fast so nervig wie Flash-Navigationen.

Ich habe JavaScript am liebsten in meinem Bookmark-Ordner - der Firefox erlaubt es, Skripte zu bookmarken, mit denen man dann Dinge tun kann wie die aktuelle Seite automatisch zum HTML Validator beim W3C zu schicken.