Ich und die in meinem Bekanntenkreis, die FFIX gespielt haben, sprechen es, in etwa, "Kuhdscha" bzw. "Kuh-Dscha" aus.
Obwohl ein bestimmter bekannter das J in der Tat spricht wie das in "Troja", was aber bei weitem nicht so stylish klingt...
Wenn man "Kuja" ganz oft hintereinander sagt, klingt es albern...* verrückt herumwirbel*
Edit:
Mal nebenbei, wie wird "Sephiroth" ausgesprochen?
Ich beharre auf der Aussprache, die der Schreibung entspricht, daher am Ende mit hartem T.
Andere sagen es hingegen mit englischem th, andere erblöden sich nicht mal vor Aussprachen wie "Zee-Pheirooth".