Ich glaube selbst wenn Ultima und Omega "böse" GFs wären, hätten sie sich mit Freude angeschlossen, Ceberus, Ifrit und vor allem Tomberry und Diabolos haben es ja auch getan.
Wobei Ultima sogar aus GF Teilen bestehen könnte, wenn man das erste mal die Forschungsinsel betritt, erzählt Xell, dass früher auf dieser Insel mit GFs experimentiert wurden, vielleicht besteht Ultima Weapon eben aus GF Teilen, oder das ganze ist auf Eden bezogen, was sein merkwürdiges Aussehen wohl erklären würde.