Es liegt daran, daß TB alle Mails aus einem Ordner in einer Datei speichert. Wenn eine Mail virenbeladen ist enthält die Datei folglich die Signatur des Virus - und darauf springen die Virentools an. Allerdings kann die Datei nicht repariert werden, weil sie nicht wirklich infiziert ist.
Ich bin mir nicht sicher, ob die Signatur wieder verschwindet, wenn man die betreffende Mail löscht.

Ich weiß nicht, ob es einen Workaround gibt - abgesehen davon, alle gesunden Mails an sich selbst weiterzuleiten und die Datei zu löschen.