Für Sophia's und Fate's Eltern müsst ihr euch das Sophia+Fate Couple Ending holen... dort sieht man sie.

Was das Ende der Vendeeni angeht... im Game selbst wird kaum darauf eingegangen, aber in den Dicionaries kann man alles nachlesen.
Nach dem Tod ihres Leaders Biwig wurden sie alle vernichtet IIRC... IMO ist es aber schon ne etwas billige Erklärung... tri-Ace hätte sich etwas mehr Mühe geben sollen....