Von sich aus könnte es etwas werden, wenn du deine Ideen richtig umzusetzen schaffst. Da du dich aber anscheinend nicht allzu sehr mit der Geschichte Japans auskennt (zumindest lässt dein Bedauern über mangelnde Authentizität darauf schließen), solltest du natürlich überlegen, entweder das Setting zu ändern oder dich möglichst umfassend über die japanische Geschichte im allgemeinen oder auf einige Epochen bezogen informieren. In Bibliotheken und auf halbwegs zuverlässigen Internetseiten kannst du schon einiges finden. Ein Ninja-Spiel lässt theoretisch viel Raum für Intrigen, wenn es auch in die Bereiche des Adels vordringt.
Ich habe zwar noch nicht allzu viel in dieser Richtung gespielt, aber ich erinnere mich z.B. noch an das RPG "Inindo" für das SNES (allerdings ist es nur eingeschränkt zu empfehlen). Dort konnte man durch verschiedene Dienste für sen Fürst (daimyo) der jeweiligen Provinz im Ansehen aufsteigen und indirekt sein Handeln beeinflussen. Nur auf diese Weise konnte man den letztendlichen Sieg über den Erzfeind seines Ninja-Clans, den Fürsten Oda Nobunaga (ein Vorbereiter der japanischen Reichseinigung, aber im Spiel auch derjenige, der die weitgehende Vernichtung des Clans des Protagonisten anordnete), erringen. Auch wenn das Spiel einige Designmängel aufwies, hatte ich es doch in mein Herz schließen können, weil es mir einen solchen Spaß bereitet hatte, Tokugawa Ieyasu mit einer unterlegenen Armee (und dann noch gemeinsam mit Takeda Katsuyori ) zu bezwingen.
Aber zurück zum eigentlich wichtigen Spiel in diesem Thread, nämlich deinem: Erarbeite dir erst eine funktionierende Story oder zumindest einen Hinterfrund für die Hauptcharaktere, egal ob du dabei auf historische Ereignisse eingehst oder etwas ganz neues schaffst (in letzterem Falle solltest du dich aber im Extremfall auch von Japan als Szenario abwenden). Denn wenn dir das gelingt, hast du schon einmal eine gute Basis, um etwas brauchbares abzuliefern. Wenn die eigentlichen Hauptgeschehnisse erst einmal feststehen, kannst du überprüfen, welche Features überhaupt zu deinem Spiel passen und welche du verändern solltest.
Ich hoffe, dass du deine Ideen zu einem Spaß bringenden und nicht zu oberflächlichen Spiel formen kannst.