Ich frage mich, warum überhaupt noch jemand HTML4 schreibt, XHTML ist genau das selbe, und kein bisschen schwerer zu erlernen.
Von <br /> habe ich nch nicht gehört, dass es Probleme macht, anders sieht es da mit <meta /> in HTML Dokumenten aus, da springt der Validator an.

Mit preg_replace() kann man auch einfache ersetzungsarbeiten machen...
PHP-Code:
$text = preg_replace ( '#\n\r#', '', $text ); 
Allerdings weis ich nicht, ob du dafür den s-Modifikator setzen musst, einfach mal testen.