1) Sephiroth brauchte die Energie des Makos im Krater um den Meteor beschwöhren zu können. Zu der Einschlagsstelle hätte er sich schon danach begeben können.

2) Warscheinlich wurden die Weapons von der Jenova kontrolliert. Das erklährt auch warum zwei von ihnen Shinra atakiert haben. Einer in Junon und der andere in Midgar.
Anderseits fählt den Weapons villeicht das Vermögen die Feinde und Freunde zu unterscheiden. Kann sein dass sie auf den Wohl des Planeten aus sind und nicht darauf Menschen nicht zu verletzen.