Die Merge all-Option zieht sich die Plugins aus deinen Zusatzdateien, also sollten die dort vorher aktiviert sein. Hat ja jetzt auch scheinbar funktioniert bei dir.

Du musst jetzt die Plugins alle aktiviert lassen und die neu entstandene Masterlist ebenfalls bei den Zusatzdateien aktivieren (ist ja auch ein Plugin-file) und dann sollte es laufen...