Den Tip mit der Registry würde ich mal aufgreifen - AFAIK speichert Windows da drin auch die Fensterpositionen. Such' mal in der Registry nach dem Programm, bzw. dem Namen der .exe und sieh' nach, ob da irgendwo Koordinaten angegeben sind.
Ich würde nachsehen, wo Windows das Zeug speichert, hab' aber atm nur Wine zur Hand - und das hat keine derartigen Einträge.