Ich hatte das Problem mal mit Winamp, als ich die Bildschirm Auflösung von 1280x1024 wieder in 1024x768 änderte.
Das Fenster war einfach in einem Nicht sichtbarem Bereich geöfnet
Auflösung wieder vergrößern und Programmfenster Verschieben..

Ausserdem kann sowas passieren, wenn man mehrer Bildschirme an eine Grafikkarte anschliesst, und das Programm isch auf dem Andern Bildschirm öffnet.
Was anderes fällt mir dazu grad net ein