Ich persönlich bevorzuge es, die Templates als Variablen zu laden und dann per str_replace() Teile davon zu ersetzen. Das erlaubt es mir z.B meine PHP-Dateien frei von HTML zu halten. Ich mag es nicht, wenn meine PHP-Dateien mehr Tags als nur ein einziges <?> enthalten.
Die zu ersetzenden Teile in den HTML-Includes sind dabei normalerweise Kommentare; so funktionieren die Seiten auch, wenn man sie allein ansieht.