Ich arbeite mit iDraw und mit Micrografx Picture Publisher (jap, von Photoshop halte ich nichts). iDraw mag vielleicht mühselig sein, ist aber für die Feinarbeit, die zB für solche Charsets benötig wird, eines der komfortabelsten Programme, außerdem ist es kostenlos. Nur für Effektspielerei, etc. werden "richtige" Grafikprogramme benötigt.
Um die Pixelarbeit wirst du übrigens mit keinem Prog drumherum kommen.