Es ist viel zu früh auf PCIe umzusteigen. Schonmal die Prototypen der Karten erreichen nicht mal das, was PCIe eigentlich können sollte. Die Karten sollten sollten nicht so Warm werden und Stromsparender sein. Aber die sind momentan genau das Gegenteil: werden extrem heiss und schlucken mehr als das doppelte an Strom.
Wenn die ersten PCIe Boards erscheinen würde ich noch ca. ein halbes Jahr warten. Erst dann gibt es zuverlässige Boards. Die ersten sind immer, so zu sagen, Test-Boards. Daher würde ich noch abwarten, was PCIe tatsächlich kann.