Einfach gesagt ist es historisch bedingt, also aufgrund der langwierigen Adaption der chinesichen Schriftzeichen (der Kanji).

Die chinesiche Schrift wurde von koreanischen Mönchen nach Japan gebracht und dort für die Wiedergabe der japanischen Sprache benutzt. Da die Sprachen Chinesisch und Japanisch sowohl strukturell als auch phonetisch grundverschieden sind, sind Kanji denkbar ungeeignet, die gesprochene japanische Sprache schriftlich festzuhalten.
Da die chinesischen Zeichen Bedeutung tragen, wurden sie für Begriffe gleicher Bedeutung im Japanischen eingesetzt, wobei sich das Problem ergab, zusammengesetzte Begriffe - oft Abstrakta - aus dem Chinesischen ins Japanische zu übernehmen. Viele chinesische Zeichen repräsentieren nicht nur eine Bedeutung, sondern enthalten neben dem sinnandeutenden Teil auch einen lautandeutenden Teil. Hier wurde der Weg der phonetischen Transkription gewählt, weshalb heute jedes Kanji (mit Ausnahmen der autonom in Japan entwickelte Kanji-Schriftzeichen) in der Regel mindestens zwei Lesungen gehören: die rein japanische kun- und die sinojapanische (sprich an die chinesische Originallesung angelehnte) on-Lesung.

Natürlich haben sich einige Kanji-Lesungen bzw. Schreibungen eingebürgert, während andere als selten oder ungewöhnlich gelten. Auch die Schriftreform seit Kriegsende hat hier vieles geregelt. Die unterschiedliche Lesungen bei den Zahlen sind hierfür ein Beispiel, mehr dazu auf http://www.seibukaneibau.de/html/zahlen.html .