Das Problem ist aber bei der Entityloesung, dass die Molekueldateien dann ebend keine echten XML dateien sind, weil ihnen der XML Header fehlt, und auch die angabe ihrer Doctype. Zudem ist die Syntax mit &xyz; etwas umstaendlich ...

An Entitys hatte ich ja sogar schon gedacht, aber darauf wieder verworfen, weil es einfach gaenzlich Unsauber waere.
Jedes Modul soll eine selbststaendige XML datei sein, die sich unter umstaenden auch selbststaendig parsen laesst, und die ueber eine eigene DTD sauber definiert ist.

Nach der vorgeschlagenen Loesung koennte ich ja sonst einfach selber einen Preprozessor rueberlaufen lassen, und jedes "#include abs.xml" einfach einfach durch den entsprechenden Inhalt Ersetzen und dann ins Sax oder DOM einspeisen.