Der obere Lüfter im Deckel bringt nicht so viel, also kann man den eigentlich auch ausbauen. Da schon das Netzteil die Aufgabe dieses Lüfters übernimmt. Aber wenn er schonmal drinnen ist, kannst du ihn auch ruhig drinnen lassen
Nur wenn du einen leisen Rechner haben willst, empfehle ich hin aus zu bauen. So wie du es schon geschildert hast, ist es schon richtig.
Die beiden Frontlüfter ziehen Luft rein und die hinteren ziehen die warme Luft raus. Es ist auch empfehlenswert, den Rechner ein Stück von der Wand zu entfernen, sonst entsteht auf der Rückseite ein Hitzestau und die Wärme gelangt wieder ins Gehäuse. Welche Lüfter hast du eigentlich gekauft? Lüfter, die sich selber regelt oder die man manuel regeln kann, oder einfache Lüfter, die eine feste Umdrehungszahl haben?
Lüfter, die sich selber einstellen, können nach der Zeit evtl. auf die Nerven geben, wenn diese ständig die Umdrehungszahl ändern. da empfehle ich Lüfter, die man manuell einstellen kann.

EDIT:
Die Rundkabel bringen nicht viel. Es wird immer gesagt, dass diese besser den Luftstrom durchlassen, aber Tests vom TÜV ergaben, dass es fast kein Unterschied macht, ob man runde Kabel drinnen hat, oder Flachband.