Doch. Windows XP kann NTFS und FAT lesen und schreiben und es ist einer Festplatte egal, welches Dateisystem eine andere hat. Du kannst deine Festplatten lustig in jeder Kombination von FAT und NTFS betreiben, solange du nicht wirklich obskures Zeug mit ihnen vorhast.
Das einzige Problem ist folgendes: Wenn du auf deinem System Win XP und Win 98 laufen hast und du formatierst eine Festplatte mit NTFS, dann kann Windows 98 mit der Platte nichts anfangen. Windows XP schon. Deshalb ist es besser, nur FAT zu benutzen, wenn man außer Win XP noch ein anderes Betriebssystem auf dem Rechner benutzt.
Solange du bei FAT bleibst gibt es also keinerlei Probleme; das können alle gämgigen Betriebssysteme. Außerdem ist NTFS sowieso nicht soo toll.