Für die Endsquenz gibt es noch eine weitere Interpretation, die dass es nur ein Traum ist (also das was nach dem Tot Atemisias passiert afaik). D.h. sie haben sich nicht getroffen usw.
Und wenn sie es doch täten würde dass nichts daran ändern dass Squall und co irgentrwann sterben würden, Rinoa aber nicht.
Atemisia kommt nicht 5 Minutan nach dem Ende von FFVIII sondern "ein Paar" Jährchen später.