Ich kenne mich mit Windows jetzt nicht wirklich aus, aber gibt's da nicht irgendwo so locale Settings, wo man den Programmen sagen kann, welche Codierung sie benutzen sollen? In dem Fall aktivierst Du einfach irgendeine UTF-8-Codierung als Default und an erster Stelle, und dann sollte das mit den allermeisten Dateien kein Problem mehr sein. Fuer den Fall, dass doch, kannst Du dann immer noch Fallback-Optionen wie Western ISO (ich hab die genaue Nummer jetzt vergessen, aber die sollte sich rausfinden lassen) definieren.
Der Trick an der Sache ist eben, dem Editor zu sagen, welche Codierung er benutzen soll, wenn er Deine Datei oeffnet. Ist das nicht explizit definiert, nimmt er den System Default dafuer, der in den meisten Faellen Unicode sein sollte. Wenn die Datei dann mit irgendeinem ISO-Foo codiert ist, kann das Buchstabensalat geben.

Tante Google spuckt auf die Schnelle folgendes aus:
http://www.pinyinjoe.com/faq/change-language-for-non-unicode-programs.htm
Das ist jetzt zwar fuer Chinesisch, aber die Prozedur ist ja die gleiche. Musst halt nur statt zh_* en_US.UTF-8 (bzw. de_* wenn Du ISO statt UTF-8 willst) oder was nehmen.