Also ich gehe mal davon aus, dass du einfach die Farbtiefe, bzw. das Format so geändert hast, dass sich die Farben verändert haben. Es kann aber auch sein, dass du den transparenten Teil des Upper/Event-layers überpinselt hast und da man beim Mappen die Upper-Layer-Tiles ja immer leicht transparent sieht, könnte sich eine Art Decke über dem Lower-Layer ausgebreitet haben.
Bei letzterem musst du dir halt den transparenten Farbton in der Palette nehmen, und damit alles um die Gegenstände herum transparent pinseln. Bei ersterem, empfehle ich dir das Format nicht zu ändern.