Naja, hab die Theorie selber aufgestellt.
Omega kam wahrscheinlich aus Storyhaften gründen nicht vor.
Oder es wurde wahrscheinlich von den Centra absichtlich nicht bei
dem Ort erschaffen, wo die anderen schlummerten. Omega ist vielleicht im Universum herumgeschwirrt, aber als Cloud & Co. die
Weapons alle besiegt hatten, machte es sich auf den Weg zur Erde.
Es dauerte einige Jahrhunderte, aber dann erschien es im Jahr 2355 oder so (FF 7 u. 8 spielen ja in der Zukunft). Und ich nehme mal an, das die FF Storys sich zwischen Jahrhunderten befinden. FF1 war ja so im tiefsten Mittelalter. Und Omega brauchte warscheinlich 3- 400 Jahre, bis es den Planeten erreicht hat. Und zu Ultima :

Die Forscher fanden wohl die Überreste, und versuchten es nachzubauen. Im Nordkrater nach den Kampf gegen Sephirot verlor Cloud wahrscheinlich die "Ultimative Waffe". Dort fanden sie das Schwert. Aber die Welt hat sich in diesen 300-400 Jahren enorm verändert. Deshalb bauten die Forscher eine Insel, um Ultima Weapon zu erneuern. Sie formten es zwar nicht aus Mako (wie die Centra), aber sie machten es Mondtränen. Leider fing es an, unkontrolliert zu werden, und wurde in den Stillen Ozean eingesperrt, und mit Mechanissmen und haufenweise von Monstern bewacht.

Als dann Omega die Erde erreicht hatte, traf es auf Artemisea, die
zwar im vergleich zu Omega eine Mücke ist, aber sie trickste Omega aus und sperrte es in einen Siegel, der nur durch einen besonderen Vorgang geöffnet werden kann.

So stell ich mir das vor.