Zur Zeit sieht es so aus, dass .net im Grunde nur eine bessere Alternative zu WinAPI darstellt und in einigen Jahren diese komplett ersetzen soll.
Zu diesem Zeitpunkt musst du davon ausgehen, dass du genau wie mit der WinAPI auf Windows eingegrenzt bist, wenn du mit .net arbeitest.
Es gibt Projekte die es sich zur Aufgabe gemacht haben .net auf eine andere Plattform zu potieren, eine Erfolgsgarantie gibt es allerdings nicht und eine Unterstützung von Microsoft ist fraglich.

Man kann die Sache also so sehen:
Wenn du mit WinAPI arbeitest und dadurch sowieso auf Windows eingegrenzt bist, ist ein Umstieg auf .net empfehlenswert.
Wenn du willst, dass deine Programme auch auf anderen Plattformen wie z.B. Linux laufen -> Finger weg! (zumindest zu diesem Zeitpunkt)

Im übrigen ist C# nicht für .net erforderlich.
Es gibt auch anderen gute Sprachen wie z.B. Delphi, die mit dieser Plattform arbeiten.