Was Anime und Manga betrifft, da dürfte Animate die erste Adresse sein. Ist afair der grösste Shop in ganz Japan. Das Hauptgebäude befindet sich in Ikebukuro, aber auch der Shop in Akihabara ist noch recht groß. ^^

In einem Jahr wirst du aber doch wohl genügend Zeit haben, um selbst mal ein bisschen zu suchen. Gerade die kleineren Läden haben meist auch gebrauchte Artikel - da findet man schon eher mal die eine oder andere Rarität...

Bei Games muß man klar zwischen neuen und gebauchten Games unterscheiden. Bei neuen fällt mir spontan Yodobashi Camera (Shinjuku), Sofmap und Asobit City (beide Akihabara) ein. Wenn du allerdings hauptsächlich neue Games kaufen willst, kannst du eigentlich genauso gut in jeden x-beliebigen Game Shop in deiner Nähe gehen. Preisunterschiede sind gering bis nicht vorhanden.
Bei gebrauchten Games empfehle ich vor allem Media Land und Trader 1&2. In Akihabara gibt es auch noch ein paar andere (Sofmap Amusement Kan ist auch noch empfehlenswert), aber der grosse Vorteil bei den oben genannten ist (neben der riesigen Auswahl), dass alle Games vorne einen Aufkleber drauf haben, der dich genauestens über die Vollständigkeit der Beilagen und dem Zustand von Packung, CDs, Anleitung usw. informiert. Andere Shops haben das nur unzureichend oder im schlimmsten Fall gar nicht.

Die Auswahl bei Media Land und Trader sollte eigentlich ausreichen. ^^ Wenn du mal ein bestimmtes Spiel nicht findest - geh einfach ne Woche später wieder hin. Beide Shops haben übrigens öffter mal Aktionstage (meistens am Wochenende), da bekommst du teilweise bis zu 10% Rabatt auf die Spiele! Bin da allerdings nicht mehr so ganz auf dem laufenden. Welche Aktionen gerade laufen steht normalerweise auf den jeweiligen Homepages.

Hoffe, dass hilft dir ein wenig weiter.
Ansonsten geh einfach mal ein bisschen auf Erkundungstour. Zeit genug hast du ja. ^^

Falls du einen der erwähnten Shops nicht finden solltest, schreib mir einfach ne PM. Ich hab die meisten Wege noch im Kopf.


*edit: Ups, etwas zu spät...^^