AFAIK muss er dort nicht auftauchen, nur du musst dich in Bikanel blicken lassen. Und zum Fungus Pass: Das ist alles was du dort erledigen musst (nur ihn ansprechen)! Damit wird er auch dort einen plazieren bzw. dort wo er hingelaufen ist.

Laut Gamefaqs FAQ brauchst du einen Hospot in Bikanel damit sie dort in Kapitel 4 erscheinen (Mission starten). Evtl. werden sie in Kapitel 3 nicht sichtbar sein (mache gerade das selbe, war in Bikanel, und denke mal dies reicht auch)

Bikanel Desert Excavation Site: In the middle, just a little bit away from the
Machina.
Bikanel Desert Cactuar Nation: Just beside Marlena.
Note: Get a Hot Spot for Bikanel Desert in Chapter 3 and the CommSphere's will
be installed for Chapter 4, you may not see them when you revisit Bikanel again
in Chapter 3 but if Bikanel is a Hot Spot, then the CommSphere will be
installed.