Ja du musst in ALLEN Gebieten ALLE Monster 5 mal fangen

Das is relativ Zeitaufwändig aber wenn du die 99 Dunkelkristalle schnell bekommen willst, ist das die beste Möglichkeit.
Ich persönlich habe (wie viele Andere hier) alle Monster 10 mal gefangen um gegen Deus kämpfen zu können!
Also viel Spaß beim Fangen

Edit: Zu deiner zweiten Frage: Das kann gar nicht sein denn das Luftschiff kannst du, sobald du Sins inneres betreten hast - und auch schon vorher - immer benutzen