Wenn du das Spiel wirkich mit 100% abschließen willst, dann solltest du dir entweder ein Walkthrough von GameFAQs ausdrucken oder dir den Strategie Guide kaufen.
Es gibt Dinge, die man einfach, auch beim zweiten Mal durchspielen nicht rausfinden kann.

Ein kleines Beispiel:
Anfang Chapter 2 muss man sich entscheiden, ob man den Sphere der Youth League oder New Yevon gibt. Der einzige Weg hier, um später 100% zu haben, ist den Sphere der Youth League zu geben, wenn man in New Yevon aushändigt, ist der maximale Wert 99%.

Es gibt noch viele andere Kleinigkeiten und Zielorte zu denen man zwischen den Missions reisen muss, um Mini-Quests und Mini-Missions zu machen, die vielleicht 0,1% oder 0,2% geben, aber wichtig sind für die 100% am Ende.

Ansonsten zu deiner anderen Frage, im New Game Plus Spielstand hast du lediglich die Items und deine Dresses sind schon gelevelt, alles andere musst du erneut machen.

Mein Tip, hol dir den Guide bei DVDBoxOffice, kostet 15 € oder les dir die Guides auf GameFAQs durch.