NTFS kann von keinem Betriebssystem außer Windows 2000, Windows XP und diversen exotischen Windowsen richtig benutzt werden.

Falls du mit Windows 9x/ME oder Linux auf die Partitionen zugreifen willst ist NTFS keine gute Wahl*. Das gilt auch, wenn du Knoppix zur Systemreparaturbenutzen willst.
Wenn du dir sicher bist, daß du in nächster Zeit nur mit Windows XP arbeiten willst, kannst du NTFS problemlos benutzen.


* Das gilt nicht für Netzwerkfreigaben; die benutzen ein anderes System.