Du kannst problemlos zwischen VFAT-, NTFS- und CDFS-Partitionen hin- und herkopieren.

Du solltest dir aber überlegen, ob du wirklich NTFS brauchst. Falls du eventuell ein älteres Windows oder ein anderes Betriebssystem auf dem Rechner benutzen willst ist NTFS eine schlechte Wahl, weil diese Betriebssysteme Probleme mit NTFS haben.
Außerdem neigt NTFS dazu, bei Windows-Neuinstallationen Datenmüll in den RECYCLER-Ordner zu packen und zu verstecken. Man kann es zwar löschen (mit der Shell), es ist aber nervig.