Zu Beginn musst du nur im Wald graben bis du eine Chocobokarte findest. Diese Karten stellen einen Ort auf der Welt da, bei welchem ein Schatz versteckt ist. Auf der Weltkarte kannst du dann nach diesem Schatz graben, wenn du auf einem Chocob sitzt und die Viereck Taste drückst.
Dabei gibt der Chocobo verschiedene Ausrufe von sich, welche aber mit denen aus dem Wald identisch sind (iirc) und dort erklärt werden.

Die Fähigkeiten über andere Untergründe zu gehen erhält der Chocobo mit der Zeit. Einige der Schätze, die du finden wirst enthalten nämlich keine Items sondern ein Ereignis, welches deinen Chocobo eine neue Fähigkeit gibt.